É a parte da cromatina condensada,ou seja, inativa.

Quando os cromômeros sã tratados com substâncias químicas que reagem com o DNA, como o corante de Feulgen, são reveladas visualmente regiões distintas com características de coloração diferentes. As regiões densamente coradas são chamadas de heterocromatina, e as regiões pouco coradas são chamadas de eucromatina. A distinção reflete o grau de compactação ou helicoidização do DNA no cromossomo. A heterocromatina pode ser constitutiva ou facultativa. O tipo constitutivo é uma característica permanente de um local cromossômico específico, e é, neste sentido, uma característica hereditária. O tipo facultativo de heterocromatina, como o nome sugere, é às vezes, mas nem sempre, encontrado em um local cromossômico em particular. Os padrões de heterocromatina e eucromatina ao longo de um cromossomo são bons marcadores citogenéticos.